Uma das principais características do jogo é táticas do esquadrão. Por quase todo o jogo, o jogador terá uma equipe de 2 squadmates controlados pela IA que os acompanham. Squadmates podem ser obrigados a se deslocar em um local, concentrar seu fogo contra um inimigo específico, o homem uma torre montada, ou definir cargas explosivas sobre determinados itens. Comandos de pelotão são dadas com um único botão, os comandos são sensíveis contexto com base no que o jogador aponta o cursor em. Squadmates não pode ser morto, e só vai ser nocauteado por um breve período depois de tomar uma certa quantidade de dano.BlackSite: Area 51 apresenta padrão de tiro em primeira pessoa o jogo. Ele usa um sistema de regeneração da saúde, além disso o personagem do jogador pode absorver quantidades relativamente grandes de tiros antes de morrer. O jogo apresenta 6 armas diferentes, no entanto apenas 2 armas podem ser realizados ao mesmo tempo. O jogo também apresenta a capacidade de usar granadas e ataques corpo a corpo. Principal arma do jogo, a carabina M4 , tem uma visão reflexo que pode ser apontado através de zoom em alvos distantes. O jogo não possui a capacidade de se inclinar nas curvas.